Предоставлено: Лорен Соломон, Broad Communications (адаптировано из Horn H, Lawrence MS, et al.)
Любая опухоль может содержать мутации в тысячах разных генов. Задача состоит в том, чтобы найти мутации-драйверы, которые способствуют развитию рака и могут быть многообещающими мишенями для лечения, в стоге сена пассажиров (мутации, которые, хотя и присутствуют в опухоли, не помогают ей расти или распространяться).
В статье, опубликованной в Nature Methods, группа под руководством Хайко Хорна и Каспера Лаге из Центра психиатрических исследований Стэнли Института Броуда и Массачусетской больницы общего профиля MGH; Майкл Лоуренс и Джесси Бем из Широкой программы борьбы с раком; и Гэд Гетц из Cancer Program и MGH описывают NetSig, вычислительный инструмент с открытым исходным кодом, который ищет мутации, вызывающие рак, путем объединения данных генома рака с данными взаимодействия белков. NetSig предназначен для дополнения существующих инструментов и расширения возможностей обнаружения раковых геномов в любом существующем конвейере анализа.
Взаимодействие с белками открывает своего рода геномный Facebook, социальную сеть, через которую гены обмениваются информацией и выполняют функции клетки. Дополнительная функциональная перспектива может помочь исследователям с большей уверенностью идентифицировать драйверы, особенно в генах, которые мутируют лишь изредка.
С этой целью NetSig использует InWeb_InBioMap (InWeb_IM), карту взаимодействия белков с данными о более чем полумиллионе белок-белковых взаимодействий. Лаборатория Лаге разработала InWeb_IM в 2016 году для функциональной интерпретации больших наборов геномных данных.
Для разработки NetSig команда объединила InWeb_IM с данными экзома, полученными из атласа ракового генома (TCGA), по 4742 опухолям, охватывающим 21 тип рака. Затем команда проверила возможности инструмента в серии экспериментов in silico и in vivo, обнаружив, что NetSig может: