Дизайн клинических испытаний новых методов лечения рака исторически был ориентирован на ткань, из которой возникла опухоль, но статья исследователей из Мемориального онкологического центра Слоуна-Кеттеринга, опубликованная 26 сентября в Nature Genetics, поддерживает новый подход: подход, основанный на геномной сигнатуре. опухоли, а не ткани происхождения в организме.
Хорошо известно, что возникновение рака – это многоступенчатый процесс, но благодаря усилиям Атласа генома рака (TCGA), финансируемого Национальными институтами здравоохранения США, и другим масштабным усилиям в области геномики рака, для впервые этот процесс можно увидеть в мельчайших молекулярных деталях, картировании мутаций и других молекулярных событий, влияющих на любой из 20000 генов в клетке человека.
Теперь две основные гипотезы были подтверждены на основе геномного анализа более 3000 образцов из 12 различных типов опухолей: ограниченное количество конкретных генетических событий, по-видимому, вызывает большинство подтипов опухолей, и опухоли могут быть сгруппированы по содержащимся в них онкогенным сигнатурам, независимо от того, что в них есть. какая ткань происхождения. То, что эти онкогенные признаки в значительной степени не зависят от конкретной ткани, в которой возникает рак, указывает на то, что определенные комбинации лекарств могут быть полезны для отдельных пациентов с различными типами рака.
"В будущих клинических испытаниях мы предполагаем, что пациенты с определенным типом рака эндометрия, например, могут быть включены в то же исследование, что и пациенты с подтипом колоректального рака, и что отбор пациентов для клинических испытаний может проводиться с помощью геномного профилирования рака. в поликлинике," заявил Крис Сандер, один из главных исследователей Центра анализа геномных данных Memorial Sloan-Kettering. "Эта работа призвана помочь в разработке таких исследований и разработке более индивидуализированных методов лечения рака."
Способность обнаруживать наборы вызывающих рак событий в молекулярных деталях основана на трех основных технических и научных достижениях последнего десятилетия. Новые высокопроизводительные геномные технологии и более низкие эксплуатационные расходы позволили собрать генетические данные о многих тысячах опухолей. Опыт и знания, накопленные в области геномики рака во многих лабораториях, научили нас, какие из многих молекулярных изменений при раке могут способствовать онкогенезу. Объединение данных и знаний, новые алгоритмы и методы анализа больших объемов данных в области вычислительной биологии дают возможность находить пресловутые иголки в стоге сена: вывести вызывающие рак молекулярные генетические сигнатуры и связать их с подтипами опухолей и потенциальными методами лечения на фон чрезвычайно высокого уровня информационного шума.
Команда Memorial Sloan-Kettering и их коллеги из TCGA и Международного консорциума по геному рака планируют расширить этот комплексный анализ до десятков тысяч образцов опухолей. Краткий обзор молекулярного ландшафта опухолей в более чем 13000 образцах опухолей уже доступен на cBioPortal for Cancer Genomics по адресу http: // www.cbioportal.org.
Основными авторами исследования являются Джованни Чириелло, Николаус Шульц и Крис Сандер из Центра вычислительной биологии Мемориала Слоуна-Кеттеринга.