В настоящее время существует множество общедоступных баз данных, доступных каждому в области наук о жизни, но есть много проблем, когда вы пытаетесь их использовать, а именно, вы не знаете, какие использовать, как использовать и даже где найти необходимую. В частности, данные об экспрессии генов имеют сложную ситуацию, поскольку существует несколько методов измерения, разработанных различными исследовательскими группами, и данные накапливаются экспоненциально ради изобретения микроматрицы ДНК, которая измеряет уровень экспрессии генов не только для интересующих генов, но и область всего генома. Исследователям необходимо найти репрезентативный набор данных об уровне экспрессии генов или справочные данные, чтобы начать свой эксперимент, но они сталкиваются с ошеломляющим количеством данных об экспрессии генов.
Группа исследователей из Центра баз данных по наукам о жизни (DBCLS) и Национального института генетики (как в Исследовательской организации информации и систем) разработала веб-инструмент RefEx, который упрощает поиск и просмотр уровней экспрессии каждого гена. найти справочник по анализу экспрессии генов.
RefEx содержит данные трех видов организмов, человека, мыши и крысы, полученные из нормальных тканей и клеточных линий (всего 556 тканей / клеточных линий), измеренные четырьмя различными методами (EST, GeneChip, CAGE и RNA-seq). Все данные взяты из общедоступных баз данных, в том числе из проекта FANTOM5. Когда станет доступно больше данных о публичных высказываниях, RefEx включит их и станет более полезными и точными.
Наряду с обширным сбором данных об экспрессии генов RefEx позволяет сравнивать состояние экспрессии генов в каждой ткани / клетке с разницей между методами измерения. Вы можете искать данные для определенной группы генов просто по имени гена или по онтологии гена и фамилии. Кроме того, вы можете выбрать "тканевые / клеточно-специфические гены", а именно маркерные гены, представляющие характеристики ткани / клетки, рассчитанные путем применения единого метода ко всем накопленным общедоступным данным, путем нажатия значков тканей на верхней странице RefEx.
Результат поиска / выбора показывает сравнение относительных уровней экспрессии среди тканей и среди четырех методов измерения, а относительное количество экспрессии отражается в виде тепловой карты в 3D-модели человеческого тела. Вы также можете сравнить информацию аннотаций (генная онтология и т. Д.) о функциях, назначенных генам в результатах поиска. Эти функции поддерживают открытие новых знаний и построение гипотез.
Используя RefEx, исследователи могут подтвердить уровень экспрессии интересующих генов во многих тканях или клетках в нормальных условиях без лабораторных экспериментов. Это также полезно в качестве инструмента для изучения взаимосвязи генов, обнаруженных в функциональном анализе, для выяснения биологических явлений и интерпретации результатов исследований, ведущих к разработке лекарств и т. Д. Таким образом, ожидается, что RefEx внесет свой вклад в широкий спектр биологических и медицинских исследований в качестве мощного веб-инструмента для анализа экспрессии генов.