Исследователи Case Western Reserve University получили два гранта на общую сумму 3 доллара.16 миллионов от Национального института здоровья (NIH) на создание аналитического программного обеспечения для управления, аннотирования, обмена и анализа цифровых данных визуализации патологии.
Анант Мадабхуши, профессор биомедицинской инженерии, возглавит консорциум из семи институтов по расширению возможностей свободно доступной программы просмотра изображений патологии, создавая то, что они называют "платформа информатики изображений патологии" (PIIP).
Для начала PIIP сосредоточится на инструментах для количественной оценки тканевых биомаркеров и паттернов заболеваний на цифровых изображениях биопсии рака простаты и груди.
"Большое количество людей осознают потенциальные подсказки в изображениях," Мадабхуши сказал. "Нам нужно разработать правильные инструменты, чтобы разблокировать данные…Это может способствовать революции в области точной медицины."
С 2 $.92 миллиона, 5-летний грант NIH, Case Western Reserve также присоединится к программе «Информационные технологии для исследования рака» Национального института рака (ITCR) и будет работать с 14 командами со всех концов Соединенных Штатов, чтобы делиться и совместно работать над технологиями, связанными с информатикой рака.
"Инструменты, разработанные в рамках этого гранта, будут переданы другим участникам, и мы будем использовать инструменты, разработанные другими участниками," Мадабхуши сказал. "Думайте об этом как о магазине приложений для цифровой патологии. Когда сообщество начнет использовать наши инструменты для анализа, они вернутся, улучшив наши и добавив свои собственные инструменты."
Среди других руководителей и соисследователей гранта: Метин Гуркан, Университет штата Огайо; Энн Мартель, Исследовательский институт Саннибрук; Джон Томашевски, Государственный университет Нью-Йорка в Буффало; Улисс Балис, Мичиганский университет; Майкл Фельдман, Пенсильванский университет; и Дэн Хоссейнзаде из PathCore Inc., Торонто.
Они будут расширять Sedeen Image Viewer от PathCore, бесплатное программное обеспечение для просмотра изображений патологий, используемое более чем в 20 странах.
Консорциум возьмет стеклянные слайды рака простаты и груди и оцифровывает их с очень высоким разрешением. Члены будут разрабатывать инструменты, которые позволяют автоматизировать аннотацию изображений – в настоящее время трудоемкий процесс – и алгоритмы вычислительного анализа, чтобы помочь определить, какие особенности могут быть использованы для определения агрессивности рака и прогнозирования результатов.
Оцифровка изображений не только освободит патологоанатомов от микроскопа, но и позволит использовать их для телемедицины в сельских районах и более бедных странах.
"Мы начнем с изучения рака простаты и молочной железы и расширим эту технологию на другие виды рака," Мадабхуши сказал.
В лаборатории Мадабхуши над проектом будут работать постдокторанты Джон Уитни, Ю Чжоу и аспирант Сянсюэ Ван.
Они будут основываться на работе Джорджа Ли, доцента-исследователя биомедицинской инженерии в Case Western Reserve, который недавно получил трехлетний грант NIH в размере 245000 долларов США на объединение геномики и протеомики с цифровыми изображениями патологии рака простаты.
Ли, работая под руководством Мадабхуши и Санджая Гупта, доктора медицины, профессора урологии в Медицинской школе Case Western, разработает инструменты машинного обучения для объединения молекулярных функций и функций изображения для более точного прогнозирования агрессивного рака простаты.
PIIP значительно увеличит распространение цифровых изображений патологии и алгоритмов для исследований и клинических испытаний и поможет установить стандарты использования цифровой патологии.
"Включение Case Western Reserve в ITCR также хорошо дополняет наше недавнее включение в сеть количественной визуализации Национального института рака," Мадабхуши сказал.
Сеть предназначена для содействия исследованиям и разработке методов количественной визуализации для измерения реакции опухоли на терапию в клинических испытаниях с общей целью помочь врачам выбрать лучший курс лечения для каждой формы рака.