В век больших данных исследователи рака открывают новые способы мониторинга эффективности лечения иммунотерапией.
Исследователи из Института иммунотерапии рака Блумберга Джона Хопкинса ~ Киммеля разработали новый способ использования биоинформатики в качестве инструмента сбора данных, чтобы определить, как иммунная система пациента реагирует на иммунотерапию и распознает собственную опухоль.
Исследование было опубликовано Cancer Immunology Research 12 июня 2018 г.
Старший автор Келли Смит, Ph.D., инструктор онкологии в онкологическом центре Джона Хопкинса Киммела надеется, что удастся собрать достаточно данных, чтобы позволить врачам определить лучший курс лечения для пациентов с помощью техники под названием MANAFEST.
"Как только у людей будет диагностирован рак, мы надеемся использовать эту процедуру, чтобы разработать для них лучшие варианты лечения," Смит сказал. "Раньше технологии (для МАНАФЕСТА) не было. За последние несколько лет технология эволюционировала, чтобы позволить нам придумать способ анализа данных, чтобы помочь пациентам."
Неоантигены, связанные с мутациями (MANA), являются мишенью противоопухолевого Т-клеточного иммунитета. Однако необходимо было выяснить, насколько хорошо Т-клетки могут распознавать эти MANA у онкологических больных.
Ученые изменили способ сбора культур, чтобы повысить точность данных для биоинформатики, создав анализ FEST (Functional Expansion of Specific T-cell). Они сказали, что эту объединенную информацию можно использовать для создания базы данных, чтобы выяснить, какие типы иммунотерапевтических ответов связаны с клинической пользой, повышая эффективность лечения для пациентов.
Метод FEST был специально адаптирован для обнаружения специфической последовательности MANA в крови, опухоли и нормальной ткани пациентов, получающих иммунотерапию. Смит сказал, что эту технику можно использовать для прогнозирования реакции на иммунотерапию при многих типах рака.
Она предупредила, что это только первое поколение FEST, которое будет использоваться. Есть надежда, что это приведет к созданию центрального хранилища данных, с помощью которого можно будет отслеживать, насколько хорошо онкологические пациенты развивают иммунный ответ на свое заболевание.